Aρμόδια αρχή για την πιστοποίηση της νόμιμης λειτουργίας των ηλεκτρονικών φαρμακείων στη χώρα μας ορίζεται ο Πανελλήνιος Φαρμακευτικός Σύλλογος σύμφωνα με την Κοινή Υπουργική Απόφαση που υπέγραψαν ο υπουργός Οικονομίας Ανάπτυξης και Τουρισμού Γιώργος Σταθάκης και ο υπουργός Υγείας Ανδρέας Ξανθός.
Δικαίωμα έναρξης λειτουργίας ηλεκτρονικού καταστήματος έχουν αποκλειστικά τα φαρμακεία που λειτουργούν νόμιμα στην επικράτεια. Για την εφαρμογή της ΚΥΑ, ο ΠΦΣ θα δημιουργήσει ιστοσελίδα με σκοπό την ενημέρωση των ενδιαφερομένων, την υποβολή αιτήσεων προκειμένου να τους χορηγηθεί η προβλεπόμενη πιστοποίηση (κοινό λογότυπο) και τη δημοσιοποίηση του καταλόγου των πιστοποιημένων ηλεκτρονικών καταστημάτων φαρμακείων.
