Η ομόρρυθμη εταιρεία “Friedr. Bayer et comp.” ιδρύθηκε την 1η Αυγούστου 1863 στο Μπάρμεν -σήμερα συνοικία της πόλης του Βούπερταλ- από τον πωλητή βαφών Friedrich Bayer (1825–1880) και τον master βαφείο Johann Friedrich Weskott (1821–1876). Στόχος της εταιρείας ήταν η παραγωγή και πώληση συνθετικών χρωστικών ουσιών.
Η παραγωγή αυτών των βαφών από παράγωγα λιθανθρακόπισσας είχε εφευρεθεί μόλις λίγα χρόνια νωρίτερα, ανοίγοντας ένα νέο επιχειρηματικό πεδίο για τη νέα ακόμη χημική βιομηχανία. Η αγορά-στόχος ήταν η κλωστοϋφαντουργία, η οποία εκείνη την εποχή αναπτυσσόταν ραγδαία στον απόηχο της εκβιομηχάνισης. Οι φυσικές βαφές που χρησιμοποιούνταν μέχρι τότε ήταν σπάνιες και ακριβές. Νέες εφευρέσεις, όπως η σύνθεση της κόκκινης χρωστικής αλιζαρίνης, και η μεγάλη ζήτηση για βαφές πίσσας οδήγησαν σε μια έκρηξη νέων ιδρυμάτων.
Πολλά εργοστάσια βαφής χτίστηκαν εκείνη την εποχή, αλλά μόνο καινοτόμες εταιρείες με τις δικές τους ερευνητικές εγκαταστάσεις και την ικανότητα να εκμεταλλεύονται ευκαιρίες στη διεθνή αγορά κατάφεραν να επιβιώσουν μακροπρόθεσμα. Η Bayer ήταν μία από αυτές τις εταιρείες.
Το σημαντικότερο προϊόν της Bayer αρχικά ήταν το ακετυλοσαλικυλικό οξύ (που εφευρίσκεται αρχικά από Γάλλο χημικό Charles Frederic Gerhardt στο 1853), η τροποποίηση του σαλικυλικού οξέος ή σαλικίνης. Μέχρι το 1899 η ασπιρίνη έγινε το διεθνώς γνωστότερο προϊόν από ακετυλοσαλικυλικό οξύ. Σήμερα η «ασπιρίνη» έχασε την ιδιότητα της ως σήμα κατατεθέν (trade mark) στις Ηνωμένες Πολιτείες, στη Γαλλία και στο Ηνωμένο Βασίλειο. Ωστόσο, σε περισσότερες από 80 άλλες χώρες, όπως ο Καναδάς, το Μεξικό, η Γερμανία και η Ελβετία, εξακολουθεί να αποτελεί σήμα κατατεθέν της Bayer. Το 1904, η εταιρεία Bayer παρουσιάζει το σταυρό της Bayer ως εταιρικό λογότυπο της.
Στο πλαίσιο της επανόρθωσης μετά τον Πρώτο Παγκόσμιο Πόλεμο, η Bayer αντιμετώπισε την κατάσχεση σε πολλά περιουσιακά της στοιχεία, συμπεριλαμβανομένων των δικαιωμάτων στο όνομά της και τα εμπορικά σήματα στις Ηνωμένες Πολιτείες, τον Καναδά και πολλές άλλες χώρες. Στις Ηνωμένες Πολιτείες και τον Καναδά, περιουσιακά στοιχεία και τα εμπορικά σήματα της Bayer αποκτήθηκαν από την Sterling Drug, προκατόχου της Sterling Winthrop. Η εταιρεία Bayer στη συνέχεια αποτέλεσε μέλος της κοινοπραξίας IG Farben, μιας συσπείρωσης της γερμανικής βιομηχανίας χημικών, που αποτελούσε μέρος τους οικονομικού πυρήνα του γερμανικού ναζιστικού καθεστώτος. Όταν οι Σύμμαχοι διέσπασαν την IG Farben σε επιμέρους εταιρείες μετά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο λόγω συμμετοχής της στα ναζιστικά εγκλήματα πολέμου, (κατασκευάστρια του Κυκλώνα Β και εκμετάλλευση της καταναγκαστικής εργασίας των κρατουμένων), η Bayer εμφανίζεται εκ νέου ως μεμονωμένη επιχείρηση.
