Ένα ιδιαίτερα σημαντικό θέμα έχει προκύψει με το παρατηρητήριο τιμών και τον καθορισμό μέσω αυτού των τιμών που προμηθεύονται φάρμακα τα νοσοκομεία, γεγονός το οποίο μπορεί να δημιουργήσει πρόβλημα στην κάλυψη των σχετικών αναγκών. Σύμφωνα με επιστολή που εστάλη στον Υπουργό Υγείας, κ. Λυκουρέντζο από τη διοίκηση του ΣΦΕΕ, ο Σύνδεσμος προειδοποιεί ότι οι προμήθειες μπορεί να βρεθούν στον αέρα καθώς η βάση του Παρατηρητηρίου τιμών για τα φάρμακα, είναι ο σχετικός “τιμοκατάλογος”, είναι ελλιπής και παρουσιάζει πολλά προβλήματα.
Όπως παρατηρείται λείπουν προϊόντα, κάποια σκευάσματα έχουν αδικαιολόγητα χαμηλές ή λάθος τιμές, οι αναρτημένες τιμές δεν είναι αποτέλεσμα διαγωνιστικής διαδικασίας κλπ κι έτσι έχει δημιουργηθεί εμπλοκή στη διαδικασία έγκρισης των χρηματικών ενταλμάτων για την περίοδο από 1/3/2012 μέχρι 6/2/2013. Για την συγκεκριμένη περίοδο, ο νόμος προβλέπει ότι οι δαπάνες για φάρμακα είναι νόμιμες εφόσον εναρμονίστηκαν με τις χαμηλότερες τιμές του παρατηρητηρίου, όμως λόγω των ελλείψεων δεν είναι εφικτή η εναρμόνιση και οι επίτροποι δεν μπορούν να βγάλουν τα σχετικά εντάλματα.