Τον τρόπο και τη διαδικασία είσπραξης και απόδοσης παρακρατούμενου ποσοστού ύψους 2% υπέρ ψυχικής υγείας, καθορίζει Κοινή Υπουργική Απόφαση των συναρμόδιων Υπουργείων. Σύμφωνα με την απόφαση, η παρακράτηση ποσοστού ύψους 2% υπέρ ψυχικής υγείας επί των συμβάσεων, περί διενέργειας διαγωνισμών και σύναψης συμβάσεων από την Εθνική Κεντρική Αρχή Προμηθειών Υγείας (Ε.Κ.Α.Π.Υ.), επί των συμβάσεων περί προμήθειας φαρμάκων των νοσοκομείων του Εθνικού Συστήματος Υγείας και του Γενικού Νοσοκομείου Παπαγεωργίου από διαγωνιστικές διαδικασίες που υλοποιεί η Ε.Κ.Α.Π.Υ. και από συμφωνίες που συνάπτει η Επιτροπή Διαπραγμάτευσης Τιμών Φαρμάκων, καθώς και επί όλων των συμβάσεων προμηθειών αγαθών και υπηρεσιών υγείας, θα γίνεται από τον φορέα που διενεργεί την εξόφληση του τιμολογίου.
Η κράτηση επιβάλλεται επί της αξίας του τιμολογίου των συμβάσεων προ Φόρου Προστιθέμενης Αξίας και μετά την αφαίρεση κάθε άλλου παρακρατούμενου ποσού υπέρ τρίτων. Παρακρατείται και αποδίδεται στο Υπουργείο Υγείας ως εξής:
Τα παρακρατούμενα ποσά κατατίθενται το πρώτο δεκαήμερο του επόμενου από την παρακράτηση μήνα, με μέριμνα και ευθύνη του φορέα που διενεργεί την εξόφληση του τιμολογίου, στην Τράπεζα της Ελλάδος σε πίστωση του λογαριασμού Ν. 200 «Ελληνικό Δημόσιο − Συγκέντρωση εισπράξεων και πληρωμών». Η εντολή κατάθεσης ή μεταφοράς θα κοινοποιείται στη Διεύθυνση Λογιστικής Γενικής Κυβέρνησης (πρώην Δ24) του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους για την εμφάνιση, ύστερα από την αναγγελία της Τράπεζας της Ελλάδος, των κατατιθεμένων ποσών στον Αναλυτικό Λογαριασμό Εσόδου 2 1140908001 «Κράτηση υπέρ ψυχικής υγείας επί των τιμολογίων των συμβάσεων του άρθρου 18 του ν.5129/2024» του κρατικού προϋπολογισμού.
