Σύστημα διοικητικής και οικονομικής διαχείρισης, ελέγχου, επιχορήγησης και παρακολούθησης της ποιότητας σε μονάδες ψυχικής υγείας, προβλέπει απόφαση του υπουργείου Υγείας. Σύμφωνα με την απόφαση, οι φορείς υποχρεούνται, μεταξύ άλλων, να υποβάλλουν στη Διεύθυνση Ψυχικής Υγείας του Υπουργείου Υγείας προϋπολογιστικά στοιχεία για το επόμενο οικονομικό έτος το αργότερο έως τις 30 Σεπτεμβρίου του τρέχοντος έτους.
Τα ετήσια αναλυτικά προϋπολογιστικά στοιχεία κάθε φορέα και η έκθεση που τα συνοδεύει υποβάλλονται στη Διεύθυνση Ψυχικής Υγείας. Σε περίπτωση που η Διεύθυνση Ψυχικής Υγείας διαπιστώσει υπερβολικές και μη επιλέξιμες δαπάνες στον υποβαλλόμενο προϋπολογισμό του φορέα ζητά εγγράφως από τον φορέα να υποβάλει νέο, αναμορφωμένο προϋπολογισμό.
Ο φορέας εντός 10 ημερών από τη λήψη του εγγράφου της Διεύθυνσης Ψυχικής Υγείας υποχρεούται να προβεί σε αναδιατύπωση και εκ νέου κατάθεση του τροποποιημένου προϋπολογισμού. Σημειώνεται ότι κατά τη διάρκεια του έτους αναφοράς, και σε εξαιρετικές περιπτώσεις επαρκώς αιτιολογημένες ή σε καταστάσεις έκτακτης ανάγκης ο φορέας, που έχει την επιστημονική και διοικητική ευθύνη λειτουργίας μιας μονάδας, δύναται να αιτηθεί τεκμηριωμένα την τροποποίηση του προϋπολογισμού της.
Εκτενείς αναφορά γίνεται στην απόφαση στην παρακολούθηση της ποιότητας των παρεχόμενων υπηρεσιών, ενώ καθιερώνονται κοινοί δείκτες διασφάλισης της ποιότητας. Τέλος, οι εκθέσεις των ορκωτών ελεγκτών για κάθε μονάδα ψυχικής υγείας συνιστούν προϋπόθεση του κύρους της έγκρισης των ετήσιων απολογιστικών στοιχείων βάσει των οποίων πραγματοποιείται η τελική εκκαθάριση.
