Την μετατροπή του ΕΟΠΥΥ σε ανεξάρτητο οργανισμό που δεν εμπλέκεται στο σύστημα ως πάροχος και υπαγωγή του στο υπουργείο Εργασίας, ώστε να διασφαλίσει καλύτερα τον ρόλο του ως «αγοραστή/ελεγκτή» υπηρεσιών υγείας, ζητά η ΓΣΕΕ.
Προτεραιότητα για τη Συνομοσπονδία είναι η κυοφορούμενη μεταρρύθμιση να μην στοχεύει μονοδιάστατα στη μείωση του κόστους και στη συρρίκνωση των δημόσιων υπηρεσιών υγείας αλλά στην αποτελεσματικότερη διαχείριση των πόρων, με στόχο τη διεύρυνση και βελτίωση των παρεχομένων υπηρεσιών.
Επίσης, κεντρικής σημασίας για την ΓΣΕΕ, είναι το ζήτημα της μεταβίβασης της κινητής και ακίνητης περιουσίας των ασφαλιστικών ταμείων στον νέο φορέα. Ιδιαίτερα στις περιπτώσεις αυτές όπου τα μεταφερόμενα περιουσιακά στοιχεία ανήκουν αδιαιρέτως και στους δύο κλάδους των ασφαλιστικών ταμείων (υγείας και συντάξεων), είναι απαραίτητο η μεταβίβαση να συνοδευτεί από αντισταθμιστικά οφέλη για τα ασφαλιστικά ταμεία. Αυτό αφορά κατ’ εξοχήν τα πρώην κέντρα υγείας και πολυϊατρεία του ΙΚΑ και την ακίνητη περιουσία που συνοδεύει τις μονάδες αυτές. Τα αντισταθμιστικά οφέλη θα μπορούσαν να είναι είτε αντισταθμιστική χρηματοδότηση του ΙΚΑ, είτε μείωση του ποσοστού συμμετοχής των ασφαλισμένων του ΙΚΑ για ιατρικές εξετάσεις και νοσηλεία σε ιδιωτικές κλινικές.
Παράλληλα η ΓΣΕΕ ζητά να ενισχυθεί η χρηματοδοτική βάση του νέου ενιαίου φορέα ΠΦΥ για την εξασφάλιση της βραχυχρόνιας και μακροχρόνιας οικονομικής του βιωσιμότητας. Εφόσον μέρος των δραστηριοτήτων που επιτελούνται σήμερα στα νοσοκομεία θα μεταφερθεί στον ενιαίο φορέα, αυτό θα πρέπει να συνοδεύεται και από τη μεταφορά μέρους της κρατικής χρηματοδότησης του ΕΣΥ, στον ενιαίο φορέα ΠΦΥ. Συμπληρωματικά μέτρα, όπως το ειδικό τέλος σε καταναλωτικά αγαθά με αποδεδειγμένη αρνητική επίδραση στην υγεία (καπνός, αλκοόλ κ.ά) και η μετατροπή τμήματος του ΦΠΑ σε «κοινωνικό ασφαλιστικό φόρο» μπορούν επίσης να ενισχύσουν τη χρηματοδότηση του νέου φορέα. Ωστόσο, υπό τις συνθήκες της παρατεινόμενης κρίσης είναι αμφίβολο κατά πόσο αυτά μπορούν να είναι αποτελεσματικά σε βραχυπρόθεσμο ορίζοντα.
Σχετικά με τον θεσμό «πύλης εισόδου» (gate keeping) στο σύστημα (μέσω του «οικογενειακού γιατρού» ή «γιατρού αναφοράς»), η ΓΣΕΕ επισημαίνει ότι θα πρέπει να εφαρμοσθεί με σχετική ευελιξία, για λόγους που έχουν σχέση με την ελευθερία επιλογής ειδικού γιατρού από την πλευρά των χρηστών, καθώς και με τη γεωγραφική ιδιομορφία συγκεκριμένων περιοχών, π.χ. απομονωμένες περιοχές του νησιωτικού χώρου όπου δεν είναι εύκολο να εφαρμοσθεί ο θεσμός αυτός σε σταθερή βάση.
