Εξαιρούνται από τις νυκτερινές εφημερίες οι ειδικευόμενες γιατροί – μητέρες που έχουν παιδιά μικρότερα του έτους, σύμφωνα με διευκρινιστική εγκύκλιο το υπουργείου Υγείας. Όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά, η εργασιακή σχέση των ειδικευόμενων γιατρών, ως προς τους όρους, προϋποθέσεις, δικαιώματα και υποχρεώσεις διέπεται από τις διατάξεις της εργατικής νομοθεσίας και του Αστικού Κώδικα και για την προστασία της μητρότητας, οι ειδικευόμενες γιατροί – μητέρες που έχουν παιδιά μικρότερα του έτους εξαιρούνται των νυκτερινών εφημεριών, εκτός αν ρητά δηλώσουν ότι δεν το επιθυμούν.
Σύμφωνα με την εγκύκλιο, «για το υπολοιπόμενο χρονικό διάστημα ειδίκευσης και μετά τη συμπλήρωση έτους από τον τοκετό, εναπόκειται στον εκπαιδευτή τους να ορίζει τον αριθμό των εφημεριών που πρέπει να κάνουν οι μητέρες-γιατροί, αφού λάβει υπόψη του το μειωμένο ωράριό τους και το ότι είναι μητέρες βρέφους».
Διευκρινίζεται δε ότι όσον αφορά το άρθρο 1 του Ν.3754/09, η έκδοσή του αποσκοπεί στην αποφυγή της ανατροπής της απρόσκοπτης εκτέλεσης του προγράμματος των εφημεριών και της ομαλής λειτουργίας των νοσοκομείων και κέντρων υγείας και δεν υπερισχύει των ανωτέρω διατάξεων προστασίας της μητρότητας, οι οποίες είναι σε εφαρμογή της σχετικής κοινοτικής οδηγίας (92/85/ΕΟΚ) για τη «..βελτίωση της ασφάλειας και της υγείας κατά την εργασία των εγκύων, λεχώνων και γαλουχουσών εργαζομένων…».